Tenho encontrado vários módulos com o mesmo nome, mas com tamanhos diferentes.
Por exemplo, o dicionário Almeida tenho 3 versões com tamanhos diferentes. Segundo as propriedades do módulo todos são da 2ª edição.

O que motiva essa alteração no tamanho?

Um módulo depois de aberto tem seu tamanho alterado?

Pode haver mais de uma razão:

-- os módulos podem ser sido criados por pessoas diferentes (mais provável);
-- um módulo pode estar compactado e outro não;
-- um módulo pode conter formatação do usuário (sublinhados, destaques, etc.).

Mais um exemplo: Tenho um arquivo Atlas(BR).gbk.twm com 16,3 MB e outro Atlas(BR).gbk.twm (postado pelo Daniel em outro tópico) com 5,5 MB.

O que é mais indicado: usar o módulo com maior ou menor tamanho?

Como saber se o módulo está compactado?

Vá nas propriedades do módulo, aba Configurações/Ações e veja se está marcada a caixa de seleção "Módulo comprimido".

O tamanho não é fator decisivo, o importante é a apresentação e a completude do módulo. Veja qual está mais completo ou mais apresentável e fique com ele. Se quiser apagar o outro, basta clicar com o botão direito na aba do módulo e selecionar "Excluir módulo..."